按照《国务院关于加强地质工作的决定》的要求，国家设立地勘基金是为了通过加强重要矿产的前期勘查投入，降低勘查风险，引导和拉动商业性矿产勘查。地勘基金不以营利为目的，与社会资本是相互衔接、风险共担的。但目前个别省区地方政府有将地勘基金作为政府对勘查市场垄断工具的倾向，形成了对商业性矿产勘查的“挤出”效应，这与设立勘查基金的初衷相违背。因此，实现地勘基金的健康发展，需要地方政府和相关管理部门对地勘基金的作用有统一的认识。
项目监管需要进一步加强
随着国家财政和社会资本投入地质勘查资金的增加，地勘单位对项目合作的选择机会越来越多，项目多人手少已成为现实情况。由此形成的一个突出的问题是盲目追求勘查速度、简单应付工作量、忽视找矿效果，一些地勘单位甚至存在偷工减料、数据资料造假等情况。加强勘查质量监管既是确保国家财政资金能够有效投入的根本要求，也是实现地勘基金滚动发展的客观需要。当前，由于缺少独立的社会中介监理机构，地勘单位诚信管理体系也尚未形成，如何建立有效的监管体系是摆在地勘基金面前的一个共同难题。
缺乏切实可行的激励机制
《国务院关于加强地质工作的决定》明确提出，建立知识、技术、管理等要素按贡献参与勘查开采 项目收益分配的新机制。尽管当前一些省区探索提出在矿权出让收益中划定一定比例的奖励资金，但由于现行的矿业权价款管理政策中没有考虑地勘单位智力投入部分，在当前财政投资矿业权 价款缴库体系中难以兑现，因此，缺乏切实可行的操作办法。矿产勘查成果收益没有考虑地勘单位的智力投入，并且权益分配不明确，直接影响到矿权持有主体的申报积极性和勘查单位的找矿积极性，不利于激发地勘单位和地质工作者通过技术投入实现找矿突破的主观能动性。
实施整装勘查面临着矿权协调难题
当前实现找矿突破的一个重要方式就是实施整装勘查，这也是地勘基金能够充分发挥资金投入优势的一个重要渠道。但在现实中，由于探矿权退出机制还不够完善，很多重点成矿区带“矿权密布”，同一成矿区带不同勘查投资主体“画地为牢”、“圈而不探”和“化整为零”的现象普遍存在。如何协调各投资主体关系，实现地勘基金项目有效落地，是目前地勘基金面临的一个重要问题。
项目预算标准有待与市场接轨
地勘基金项目承担主体是多元化的，既有事业单位又有公司企业，不同于公益性地质调查项目的事业性承担主体，但目前地勘基金项目预算标准都是按照《国土资源调查预算标准（地质调查部分）》执行的。该预算既没有考虑公司企业所需的生产设备折旧、工资补贴等必要内容，也没有考虑物价变化因素，同时还缺少对实际工作中必须发生的用地与青苗补偿等内容，在执行中标准明显偏低。因此，当前需要尽快制定适用于地勘基金实际的预算标准，使之与市场充分接轨。
加强中央地勘基金与省级地勘基金协调发展的构想进一步明确地勘基金的定位
明确地勘基金的定位是规范基金运作、发挥基金作用的重要保障。地勘基金作为矿产资源宏观管理的政策工具和调控手段，其核心任务就是按照国家宏观经济政策，紧密结合经济社会发展需要，通过加强重要矿产的前期勘查投入，降低勘查风险，有效衔接公益性地质工作成果，引导和拉动商业性矿产勘查，全力促进地质找矿重大突破。地勘基金着力体现国家意志，坚持公开、公平、公正以及开放式运作的原则，鼓励社会资本参与项目合作；除国家统一部署项目外，对于社会资本愿意独立承担风险的勘查项目，地勘基金不再参与投资，避免对社会资本产生挤出效应。
明确两级地勘基金的投资重点
按照各有侧重的原则，中央地勘基金重点支持国家确定的重点成矿区带的煤、铀、铁、铜、铝、铅、锌、金等重点矿种前期勘查和开展跨省资源分布区的矿产勘查，适当兼顾国家急需的其他重要矿产。工作程度原则上做到普查，需要进行井田划分的煤炭勘查可以做到详查。
