2、资本市场结构层次单一限制
一是主板市场的融资门槛过高。由于我国资本市场的建设时期较短，监管水平相对低下，资本市场目前只有主板市场，通过资本市场筹集资金在公司规模、冶理结构和盈利记录方面设置了非常高的门槛。如：按照目前我国主板市场的上市标准,企业发起人认购的股本数额不少于3000万元,股票发行后公司股本总额不低于5000万元。这些规定在保证上市公司质量方面发挥了一定积极作用，却也将大量的中小企业挡在资本市场之外，中小企业的权益资本来源中所有者投入比例占多数。其次为中小企业留存收益，但这两种渠道下的供给非常有限，提高中小企业股权资本比例应求助于外部资本市场，欧美国家纷纷建立面向中小企业的创业板市场和场外交易市场，以拓展中小企业融资渠道。
二是创业板市场和场外交易市场的长期缺位。我国长期以来资本市场结构单一，创业板和场外交易市场推进的进程缓慢，阻碍了中小企业风险投资制度、股票发行等外部股权融资方式的发展。在国外，创业板市场被视为中小企业特别是高新技术企业的孵化器，但在我国，由于资本市场法制建设的滞后和主板市场的产权改革问题，创业板的推出一再延后。中小企业板尽管在一定程度上开辟了新的融资渠道，解决了部分中小企业的股权融资问题，但由于中小企业板块中的上市企业是严格按照主板的上市条件来审核以控制市场风险，所以说它还只是主板的一个板块,不是独立的市场,它离真正的创业板还有相当距离,只是在创业板稳步推进过程中打造的一个形式上的外壳而已。
三是三板市场的建设停滞。被称为“三板市场”的券商股份转让代办系统长期因为处理主板上市公司的退市交易问题而产生，退市上市公司本身基本资产质量比较差，所以该系统面临着成为主板市场“垃圾桶”的尴尬地位。除了股份转让代办系统交易公司自身质地差之外，该市场的参与交易的公司数量少，投资者参与规模有限，整个市场在职能承担、交易机制、市场培育和主板衔接方面也一直缺少规范和支持，俨然已成为资本市场的鸡肋。我国目前最有潜力发展成为未来三板市场的区域性产权交易所自推出至今仍发展缓慢，这类产权交易结构主要是为了解决国有企业改革中的产权流转问题而产生。如今，国有企业改革已基本完成，或重组、或破产、或出售，在此背景下，地方产权交易所的职能也日趋边缘化，仅成为部分国有企业或国有上市公司产权转让的公告牌。若不结合我国资本市场职能分工和合作，该类交易所的区域性特征和封闭性特征将使其进一步孤立、萎缩。
3、政策性融资机构的缺位
中小企业由于经营风险大，融资成本高，所以商业银行一般不愿意向其发放贷款，所以，政府在中小企业的外部融资中应发挥更积极主动的作用。设立政策性金融机构参与中小企业融资业务是欧美国家的成熟做法，这些服务于中小企业的金融机构通常由财政出资，或联合社会资本，以融资促进为经营目标。
我国目前尚无专门的中小企业融资服务机构，国家发改委中小企业司只是政府职能部门，而垄断信贷市场的商业银行是以利润为导向，高风险、低收益的中小企业贷款自然不会成为发展对象。我国目前三家政策性金融机构也未将中小企业列为服务对象，农业发展银行以涉农信贷为导向，进出口银行以大宗国际进出口贸易信贷为主营业务，国家开发银行以大型项目建设为工作重点，中小企业的金融服务被边缘化。专业的中小企业政策性金融机构的缺位，使中小企业在市场化融资领域的渠道选择上陷入被动地位。
