村党支部和村民委员会选举产生后，步入正常工作不久，有的村逐步在村务决策和管理上不断产生矛盾，并使矛盾日见突出，有的关系还比较紧张，影响了正常的工作。一般表现为：一是争权夺利矛盾暗生。村民委员会认为自已是村民们选举的，现在是村民自治，应该是自己说了算，因此，做事一般不与村党支部商量，我行我索，甚至有的时候，连乡党委政府的话都不当一回事，使许多乡村工作显得异常的被动。村党支部则认为村民委员会是在村党支部的领导下开展工作的，村民委员会这种不请示不汇报的行为是对村党支部的蔑视，于是，凡是村民委员会擅自布置的工作和其它所有村务工作都一概否认，使许多村民在村上办不了事。“两委”关系紧张还主要表现在，经济管理权属的争执上，都认为村级的经济应该属于自己管理才对。所以明争暗斗，矛盾日见突出，村里显得很是不太平起来。二是推拉扯皮矛盾上升。村党支部和村民委员会都是选举产生的，因此，新上任的村干部，都不敢大胆地管理，该说的不敢说，该管的不敢管，怕失去下届的选票，甚至有的村干部为了在村民们面前喜功卖好，有权有利的事争着管，无权无利或得罪村民们的事就互相推着、滑着，谁都不愿意去做，出了问题，就你推我滑谁都不愿承担责任，矛盾不断加深。三是互相拆台矛盾激化。有的村民委员会喜功好大，素质低，不尊守村规民约，与村党支部比高低，争大小，因此，就发展到了你上树我扯脚、互相打小报告、否认对方功过是非的现象，有的时候竟然面对面吵架争执不休，矛盾公开化。有的还发展到你在村上，我就不在，几个村干部竟然很难走到一起，村民找村干部办事找不到村干部的现象时有发生，严重地影响了村务的工作等等。
化解村民自治中的矛盾关键在于：切实加强政策引导，完善村级管理制度，全面推进农村民主法制建设。
认真分析村民自治中的矛盾问题，有的矛盾是老村级组织的时候本来就有的，延伸到了村民自治当中，成了新问题，但更多的是村民自治当中出现的新问题新矛盾。这主要是由于农村推行村民自治、让农民自己当家做主人这种新型制度与原有的的思维模式、领导方式、管理体制、工作方法发生了碰撞的结果；主要是一时打破了原先村级干部考察任命、优化组合的方式，把村中的当家人拿给村民自已民主推选，因此在组织实施、引导村民选举过程中不可避免地出现了一些漏洞，把那些素质低、甚至是有过违反乱纪的人选进了班子等原因；主要是对“两委”新班子的业务指导、政策教育不够及时，配套管理跟不上，管理制度缺位，职责不分，村党支部不知道管些什么、村民委员会不知道干些什么，村党支部缺乏民主意识，村民委员会缺乏工作经验，村级所制定的有些管理制度落不到实处等等所至。提出这些问题不是讲村民自治有不好的地方，村民自治是我们党顺应农村经济体制改革和政治体制改革的要求，而做出的正确选择，是合民心顺民意的大事，它全面深化了农村体制改革，极大地推动了农村经济社会的全面发展。但关键是我们如何引导、教育、组织村民搞好自治的问题。
针对以上在村民自治的选举过程中存在的问题和“两委”班子的一些矛盾问题，可以从以下几个方面来进行做工作：一是在选举过程中做到政策宣传到位、业务指导到位、选举措施定到位，充分发动群众，依靠群众，切实坚持公开、公正、公平的原则，真正把群众拥护、有真才实学的人选出来，完全体现选民意愿，保正选举质量。二是村民自治必须坚持党的领导。党管农村是一个重大的原则问题，只有正确地坚持党的领导，才能使村民自治得到有力的保障和保持正确的方向，在健康的轨道上发展。但在具体的工作中要指导他们，搞清楚坚持党的领导的含义，搞清楚什么是坚持党的领导，什么不是坚持党的领导，只有这样才能够很好地地坚持党的领导。三是规范村民自治的决策和管理程序。制定和完善村务管理办法，理清职责范围，明确职责关系，强化农村民主法治建设等都是解决村民自治中矛盾问题的关键。
只有不断注意改善村民自治中“两委”班子的协调工作，才能使村民自治永放光芒。
