2、管理上越位
《中华人民共和国土地管理法》规定“农民集体所有的土地由村集体经济组织或村委会管理、经营，可由村集体组织的承包经营。”同时《农村土地承包法》第十条规定“国家保护承包方依法、自愿、有偿地进行土地承包经营权流转。”在农业收益低下及农民对土地关爱程度偏听偏低情况下，一些企业和农民利用自己的优势，如资金、技术，租赁外出务工农民土地进行集中成片开发，发展规模经济，而村委会往往越俎代疱，将外出务工农民弃耕承包田全部或部分收回调整重新对外发包，在农民不知情下越位代替农民谈判、签订合同。农民要地，而企业和种田大户则认为，自己在税改前签订合同，是“合法”的。在越位土地流转过程中，农田大量向企业集中，为追求利益最大化占用农田进行种花植草，使基本农田保护面临严峻考验;同时加剧了要地农民与其之间矛盾。在农村，当农田向种粮大户集中时，就产生乡镇政府和村委会越俎代疱代替农民签订合同，履行发包方权利和义务时，必须尊重农民个人意愿。而在操作规程中，未经农民同意越位代签合同，很难保证农民自身利益。
3、管理上错位
市场经济下，一些农民外出务工无力耕种，有的农民过去长期拖欠税费。有的村委会以村民“你自己不尽纳税及挑圩筹资义务，还享受什么权益呢?”为由，强行收回农民手中的土地重新发包给其它农户耕种，收取一定费用。另外，有的村为追求利益最大化，低价收回外出务工农民土地，高价发包给一些企业或业主种植苗木、花卉，违背了现行国家政策。
(二)乱占、圈占，浪费土地问题始终未解决
人口，这是我国对世界作出的不朽贡献。近年来，党中央、国务院对土地问题严之又严，高瞻远瞩，相继作出一系列重大决策。紧守这一条耕地保护“红线”。是历史和现实的客观需求，也是践行科学发展观的根本要求。但近年来，我国各地小城镇建设如火如荼之势，许多乡镇城镇化面貌日新月异，千百年来农民习惯于的“乡土社会”正转型为“城镇社会”，对于不少乡镇经济与社会发展来说，发展小城镇无疑是一个“大战略”，同样具体到每个小城镇的建设也有个“战略问题”。这就是在每个小城镇建设过程中，如何保护好耕地问题。统筹城乡经济社会发展，加快小城镇进程，为全面建设小康社会提供物质技术基础和生态环境双重保障任务，就必须坚持在发展中保护耕地，把青山绿水留给子孙后代，把美好家园献给人民群众。土地是最稀缺的不可再生资源。但只顾眼前，不顾将来的乱占耕地在农村还依然普遍存在。个私企业异军突起，无疑要占用农地，同时势必造成大量耕地闲置浪费;农村“空心村”存在，农民建房弃旧建新，造成村庄渐渐向外扩张，侵占农田;更有些地方本着经营城市就是经营土地的观念，发展经济就打土地主意，依靠土地作交易，造成耕地锐减。
(三)失地农民问题成为日趋严峻的问题
土地承载着农民诸多希冀，承担着农民社会保障功能，如土地为农民提供了生活保障;土地作为一种商品，由于价格上涨具有增值的功能，农民子孙后代对土地拥有继承权。城镇化过程中，许多农民五彩缤纷、多姿多彩的梦想被击碎，农民失去集养老、就业、生活保障于一体的土地后，却不能和城里人一样拥有社会保障。在现行征地货币安置方式中，失地农民极易成为“种田无地，上班无岗，低保无份”的“三无”人员，成为新的城市贫民，同时也给社会稳定带来不安定因素。一次性补偿,其补偿标准虽然相对于过去也“水涨船高”,但与土地非农升值相比，差之甚远。计划经济下的一次性补偿,其标准低,不全面,一旦补偿费用光,生活无保障,农民心理上不能接受。对补偿低，农民反映强烈，不愿田被征。另外农村土地在被征过程中存在着同地不同价现象，乡镇之间相比，有的每亩5000元，有的仅3000元。其补偿标准地区差异悬殊。千百年来农民信奉“不患寡就患不均”，因土地补偿标准差异，诱发农民攀比心理。
