由于我县农业专业合作社尚处在起步、摸索阶段，经验不足，还存在诸多问题：
一是认识片面。部分农民对合作社组建目的、作用、意义认识不够。相当一部分合作社侧重外部经营，而忽视了对成员的生产经营服务，有的甚至错误地认为合作社只是一个享受优惠、争取各级支持的“帽子”，只对外、不对内。在生产经营过程中习惯以自我意识为中心，担心自己利益的损失，对组建的合作组织不放心，存在观望心理，缺少理性认识和凝聚力，入社会员仅占现有农户的8%。
二是合作社管理急待加强。合作组织制订了章程，建立了相关制度，成立了成员大会、理事会、监事会，但重大决策很难体现民意，主动权掌握在发起人手中，还有少数合作社制度不健全，管理不规范，动作和管理随意性大，责权利不明，与社会的利益关系结合得不够紧密。
三是抗风险能力不强。目前组建的农业专业合作社网络的农户不多，规模小，实力弱，难以抵御市场风险。
四是发展的基础不牢。合作社的组建在一定程度上为农民提供了服务，农民减少了投入，但一方面因合作组织自身效益不高，合作组织的长久发展后劲不足，另一方面对农民专业合作社的扶持和服务涉及供销、农业、畜牧、经管、财政等众多部门，缺乏统一规范有序的扶持帮助，导致政出多头、争名夺利。
五是缺乏整体思路和长远目标。由于合作社组织尚处于初建阶段，经验不足，规划发展思路不明，大部分合作组织注重农业生产环节合作，没有把农民组织起来共同进入市场。
六是缺乏资金扶持。从目前运行的合作社看，不仅数量少、规模小，组织化程度低外，还缺乏外部力量的扶持。如《农民专业合作社法》规定财政应适当安排资金，支持农民合作组织的建设，以促进农民合作组织发展的各项配套政策迟迟不能到位。
五、农民专业合作组织的发展思路
一是加大宣传，正确引导农民对专业合作组织的认识，要在家庭承包经营的基础上正确认识和处理好家庭经营与合作经营的关系，同时合作经营是加入自愿，退出自由，合作经营不是过去的一大二公，一平二调，不是倒退，家庭承包经营是基础，是前提，合作经营间出路，是方向，合作经营是为家庭经营服务的，是社会发展的必然，是现代农业发展的必由之路。
二是围绕“以钱养事”新机制，引导农民和技术人中创办农业专业合作组织，参与服务竞争，拓宽服务领域和就业门路，“以钱养事”新机制，要求我们创新工作理念，转变工作方法。今年以来，我局把引导农民专业合作组织的建设作为“以钱养事”的重要内容，局对创办的农民专业合作组织给予大力扶持，激励分流人员领办农民合作组织，发挥自身技术和市场优势，参与服务竞争，解决生存和发展的问题。
三是围绕龙头企业和板块基础建设，引导农民创办农民专业合作组织，维护自身利益。随着农业产业龙头企业的做在做强和板块经济的发展都迫切需要发展农民专业合作组织，利用合作组织的优势和社会化服务的优势，连接龙闲企业、基地与农户，这样，既为龙头企业的发展提供了优质的原材料保障，同时也改变发农民的局势地位和无序竞争，维护了农民的权益，增强了竞争力，利于产业的做大做强。
四是围绕农村乡土能人和大户的智力和现实优势。引导他们创办相关的农民合作组织。带动农民致富，我县特色经济明显，通过多年的摸扒滚打和市场化运作，目前已形成一批农村乡土能人和种植业大户，他们懂技术善经营，有一定的经济和社会基础，有较强的影响力和带动力，通过他们组建农民合作组织，带动农民加入合作组织，增加农业收入是一条既现实也非常有效的途径，同时也能扩大他们的生产规模和市场影响力，积极带动板块经济的发展。
