虽然农村计划生育工作的整体水平不断得到提升，取得了显著成效，但由于受农村经济水平的制约和农民落后的婚育观念的影响，以及在工作措施方面的不到位，农村计划生育工作仍然存在一些比较突出的问题，难度依然很大。
一是农村计划生育工作受经费制约的问题突出。自从计划生育工作提出建立利益导向机制，由处罚多生向奖励少生转变以来，有效调动了群众主动实行计划生育的积极性。但由于县乡财政拮据，在落实经费上困难很大。尤其是计划生育工作搞的比较好的地方，需要兑现政策的人数越多，落实经费困难更大，负担更重。
二是流动人口管理难的问题较大。随着开放程度的不断提高，农村外出务工人员逐年递增，劳务输出已经成为农民增收的重要途径，为农村经济发展注入了强大活力。但也给计划生育工作带来了新的问题和矛盾，大量计划外出生主要发生在流动人口上。虽然国家和省上都建立了“流动人口信息管理平台”，流入地对流动人口信息提供到网上，但由于流动人口流动性强，流入地管理不够完善，流出人口计划生育管理难的问题一直没有得到有效解决。
三是村级计划生育组织作用发挥不好的问题较为突出。由于税费改革之后，村级计生干部普遍减少，基本情况是每村有一个计生专职主任，而各村民小组的计生宣传员基本上由村干部兼任，只保留了人口较多的村名小组的宣传员，育龄妇女自管小组长由于报酬低，工作责任靠得不实，开展工作不够得力。加之村组干部和广大农民群众直接生活在一起，怕得罪人，在提供计划生育真实信息上主动性不强，造成了乡村两级计划生育工作“两张皮”的现象。由于村一级计划生育工作作用没有得到充分发挥，造成计划生育工作基础不够稳固。
以上这些问题，是当前农村计划生育工作中存在的共性问题。这些问题的解决，需要基层进一步落实责任，强化措施，积极主动地搞好基础工作，也需要国家和省市在政策层面给予调控和协调，共同加以解决。
一是要进一步落实工作责任，完善计划生育工作网络。继续坚持和完善党政一把手亲自抓、负总责的领导机制，进一步完善以党委、政府、相关部门、计划生育系统“三线”考核为主的人口和计划生育工作目标管理责任制，严格执行“一票否决制”，不断强化计划生育综合治理。在此基础上，着重研究制定靠实村组基层计生干部责任的制度和措施，建立岗位责任与报酬挂钩的奖惩制度，建立报酬增长机制，调动村组干部计划生育工作的积极性，完善计划生育工作网络。同时，加强对基层计生工作人员的培训，提高业务，强化素质，提高其履行计划生育职责的水平。通过完善网络，靠实责任，提高水平，形成计划生育经常抓的工作机制，做到底子清，对象明，各项节育措施及时落实，夯实工作基础。
二是要建立计划生育工作投入机制。建立利益导向机制是引导农民群众自觉实行计划生育，稳定低生育水平，促进农村人口与经济社会协调发展的一项重要举措。要使各项优惠政策落到实处，必须建立计划生育投入机制。主动抓好各项节育措施特别是二女户结扎的落实。同时，要加强监管，确保优惠政策落实到位，使遵守计划生育政策的群众真正得到关怀，得到实惠，带动广大群众转变婚育观念，逐步走上自觉实行计划生育的道路。 三是要完善流动人口管理制度，切实加强流动人口管理。进一步完善“以现居住地为主”的流动人口管理体制，明确流出地和流入地的责任，充分发挥流动人口信息平台的作用，认真执行协议管理、协查通报、数据共享、信息公告等制度，共同做好流动人口管理工作。在具体工作中，对流出人口，流出地要全部办理《流动人口婚育证明》，签订管理合同。对流出已婚育龄妇女要主动和流入地联系，实行委托管理，并加强联系，形成流出地、流入地互动的管理机制。流入地要加大管理力度，定期验证，及时督促落实节育措施，及时向流出地反馈婚育信息，提高协查通报率和信函回复率，保证回函质量，杜绝弄虚作假。对流入人口，流入地要与本地户籍人口一样，实行同宣传、同服务、同管理。各部门要加强协作，在党委、政府的统一领导下，计生、公安、工商、劳动等部门齐抓共管，摸清外来流动人口底数，分类梳理，做到横向到边、纵向到底，实行动态管理。要主动为流入人口提供优质服务，做到跟踪到人，随访到人。
四是要强化优质服务，不断提高群众的生殖健康水平。要进一步加强乡镇计生服务站建设，改善服务站基础设施条件，加强服务站技术人员力量，进一步提高环情、孕情服务及节育手术、术后随访等计划生育技术服务水平。同时，积极主动开展出生缺陷干预、妇女病普查普治、婚育咨询等生殖保健服务，不断提高广大农民群众的生殖健康水平。
