1992年，中共十四大召开，在会后随即召开的十四届一中全会上，胡锦涛当选为中共中央政治局常委、中央书记处书记。
《胡锦涛文选》透露，中共十四大后，中央书记处研究分工，决定由胡锦涛分管组织工作。1992年12月5日，他在中组部局以上干部会议上，对加强领导班子建设，提出了要着力解决的三个问题：“一是正确掌握德才兼备原则，把那些全面贯彻党的基本路线、勇于开拓进取、在改革开放和现代化建设中政绩突出的干部选拔到领导班子中来。选拔干部总的原则，还是德才兼备。二是选拔大批优秀年轻干部充实进各级领导班子。积极大胆做好选拔年轻干部工作是当前加强领导班子建设的一项紧迫而又重要的任务，必须把这项工作放到重要议事日程上来。要解放思想、开放视野，拓宽知人渠道，不拘一格选拔人才。要多选一些优秀年轻干部放到一定领导岗位上，一边工作一边培养。一般的按惯例使用，特别优秀和成绩突出的应大胆破格提拔使用。三是加强领导班子思想作风建设，重点解决好一些领导班子不团结不协调的问题。”
胡锦涛坚决反对用人上的不正之风：“必须搞五湖四海，放开眼界选人才，不能只在自己熟悉的单位、熟悉的人中选干部，更不能以我划线，搞亲亲疏疏，搞‘团团’、‘圈圈’、‘摊摊’，拉山头，闹宗派，培植个人势力。”
1994年11月30日，胡锦涛在全国组织工作会议上说：“面对错综复杂的国际环境和建设有中国特色社会主义的全新事业，不少领导干部政治理论素养、知识水平、领导水平，特别是驾驭社会主义市场经济能力不适应形势发展要求问题日益突出;不少领导班子专业结构不够合理，缺少懂得现代经济管理、法律、金融、对外经贸的干部;许多党政领导班子中年轻干部偏少，领导成员年龄没有形成合理梯次配备，到本世纪末省部级以下领导干部又将面临一次较大的新老交替。”
他力主提拔年轻干部：“从现在起经过三五年的努力，要使中央、国家机关部委和省、地、县三级党政领导班子中年轻干部所占比例有较大提高，保证有一批三十多岁、四十多岁的优秀年轻干部能及时选拔进县以上党政领导班子。”“今后，在换届和届中调整领导班子成员时，一定要注意保持合理年龄结构，年轻干部所占比例没有达到要求的，必须补充;一时没有合适人选的，可暂时空出名额;本地区本部门难以产生合适人选的，要通过交流选配。有些职数已满、又缺乏年轻干部的领导班子，可以采取‘先进后出’的办法，充实年轻干部。”
1997年，中共十五大召开。在十五届一中全会上，胡锦涛继续当选为中共中央政治局常委、中央书记处书记。在翌年举行的九届全国人大一次会议上，他当选为中华人民共和国副主席。
1998年，中央决定，军队、武警部队、政法机关一律不再从事经商活动。《胡锦涛文选》透露，当时胡锦涛兼任军队武警部队政法机关不再从事经商活动工作领导小组组长。
1998年7月28日，他在贯彻这项决定电视电话会议上说：“中央对这项工作总的要求，概括起来说是四句话：对军队、武警部队、政法机关及所属单位办的经营性公司要认真进行全面清理;这些公司同军队、武警部队、政法机关要尽快彻底脱钩;今后军队、武警部队、政法机关一律不再从事经商活动;国家财政对军队、武警部队、政法机关履行职能要给予必要的经费保证，也就是说从1999年起军队、武警部队、政法机关要全部‘吃皇粮’。”
胡锦涛表示：“我们必须从邓小平同志所说的事关党和国家会不会改变面貌的高度，从江泽民同志所说的防止亡党亡国危险的高度，深刻认识这个问题。这件事儿决不是可抓可不抓，而是到了非抓不可的地步;也不是可以缓抓慢抓，而是到了必须紧抓狠抓的时候。”
1999年5月8日，以美国为首的北约用导弹袭击中国驻南联盟大使馆，三名中国记者遇难，多人受伤，馆舍严重毁坏。5月9日，胡锦涛就此发表了电视讲话。他表示，北京、上海、广州、成都、沈阳等一些城市学生和群众还在美国驻华外交机构附近举行了示威游行。这一切，充分反映了中国人民对以美国为首的北约袭击我国驻南使馆暴行的极大愤慨和强烈的爱国热情。中国政府坚决支持、依法保护一切符合法律规定的抗议活动。我们相信，广大人民群众一定会从国家根本利益出发，自觉维护大局，使这些活动依法有序进行。要防止出现过激行为。警惕有人借机扰乱正常社会秩序，坚决确保社会稳定。
1993年到2002年12月，胡锦涛兼任中央党校校长。2000年6月7日，他在全国党校工作会议上说，中央党校和省级党校要把强化中青年后备干部培训作为重点，下大气力提高培训质量。鉴于县(市)一级在我们党的组织结构和国家政权中处于直接面向城乡基层的特殊重要地位，这一级主要领导干部承担着重要责任，中央决定，从现在起将全国县(市)委书记纳入中央党校培训轮训范围，以保证他们能够受到更高质量的教育。这是对中央党校和省级党校培训轮训任务的一个重大调整，也是适应新情况对干部培养工作的一个重要加强。
2002年11月，中共十六大召开。在十六届一中全会上，胡锦涛当选为中共中央总书记。
